最近医学界经过临床及免疫学研究，认为其病原为病毒感染，而导致口腔溃疡的两种病毒分别为人类巨细胞病毒和EB病毒(非洲淋巴细胞瘤病毒，一种疱疹病毒);其中人类巨细胞病毒潜伏在血液中的T淋巴球，EB病毒则是潜伏在血液中的B淋巴球，一旦感冒、情绪压力大、身体疲倦或精力不足，免疫力差时，病毒就会发作。

医学研究也发现，这类病毒属于原发性病毒，人们被感染后即存在体内，藏在表皮下的血管，并在细胞核中繁殖，医学研究也指出，感冒病毒及爱之病毒会激活潜伏在体内的病毒，换言之， 当身体免疫系统异常时，这些病毒会特别活跃，溃疡也会明显恶化。

一般人认为，口腔溃疡会在7天至10天内自行痊愈，问题是，许多病人的病情往往显得反反复复，时好时坏，因而影响饮食和起居，令患者感到困扰，甚至影响情绪。要改善复发性口腔溃疡应注意排便通畅、睡眠充足 ，尤其是大便通畅是复发性口腔溃疡治疗过程中不可轻忽的一部分。多吃新鲜水果和蔬菜可以清理肠胃，同时，由于口腔溃疡也可能因缺乏维生素B2引起，可多吃蔬菜和小麦胚芽，并补充维生素B、C和锌。

口腔溃疡也被认为是身体变弱的信号，所以患者在治疗的过程中，也不应忽略加强身体健康，改善体质。同时，出现口腔溃疡时，患者若也感到身体疲乏，就应检查及了解营养是否均衡，休息是否足够，并适量补充各种维生素和矿物质。